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沈其震	1956－1958	院长，著名医学专家，中国科学院学部委员
黄家驷	1958－1983	院长、校长，著名胸外科专家，中国科学院学部委员
吴阶平	1983－1985	院长、校长，著名泌尿外科专家，中国科学院学部委员
顾方舟	1985－1992	院长、校长，著名病毒学教授，六十年代初成功研制脊髓灰质炎口服活疫苗
巴德年	1992－2001	院长、校长，著名免疫学教授，中国工程院院士
刘德培	2001－2011	院长、校长，著名医学分子生物学教授, 中国工程院院士
曾益新	2011 - 2015	校长，著名肿瘤学教授，中国科学院院士
曹雪涛	2011 - 2015 2015 - 2017	院长，院长、校长，著名免疫学教授，中国工程院院士
王辰	2018 - 2025	院长、校长，中国工程院副院长，著名呼吸病学与危重症医学教授，中国工程院院士
吉训明	2025 至今	院长、校长、党委副书记，神经病学教授, 中国工程院院士

历任院校领导